技术

设备

波士顿儿童医院的蛋白质组学中心配备了最先进的仪器，这使得我们的研究人员能够推动生物质谱实验的极限。这些资源为开发能够进行前沿研究的方法提供了一个独特的机会。质谱分析是一个快速发展的领域，因此在几个研究领域具有重要的意义，包括蛋白质生物标志物的发现和验证/筛选。试剂/仪器的成本和专业知识的缺乏是许多实验室广泛采用质谱的一个重大障碍。波士顿儿童医院已经投资了一些设备，使社区内的所有研究人员都能使用这些设备。

质谱仪

Q-Exactive
Thermo Scientific Q Exactive台式LC-MS/MS是一种混合质谱仪，它结合了高性能四极前驱体选择和高分辨率、精确质量轨道阱检测。快速Q-Exactive允许在Orbitrap中每秒获得10 MS/MS光谱，这使其成为分析复杂蛋白质组样品的完美平台。在实验室中，Q-Exactive被用于鉴定和定量，如大规模的蛋白质组学等压质量标记或同位素标记多肽的方法，以及定位和定量翻译后修饰。Q-Exactive还用于多反应监测(MRM)类扫描模式，称为并行反应监测(PRM)。这种扫描模式是在Q-Exactive上引入的，可以精确和高重现性量化预定义的肽列表，而无需预先选择过渡。高灵敏度和高速度允许深入了解整个蛋白质组，以及具有挑战性的蛋白质组，如CSF。

TripleTOF 5600
AB SCIEX TripleTOF 5600系统是一种Q-TOF仪器，在单个平台上集成了全面定性勘探、快速剖面和高分辨率定量工作流程。由于其高灵敏度和快速的扫描速度，该仪器被用于阐明复杂的蛋白质组学样品，通过等压质量标记或同位素标记肽识别和定量。除了Q-Exactive，它是蛋白质组深度覆盖和精确定量的首选仪器。MRMHR工作流程类似于TripleQuad质谱仪上的MRM方法。这种工作流程的灵敏度和动态范围较差，但允许高精度和高重现性的多肽定量，而无需广泛的方法开发。另一种操作模式是MS/MSALL与SWATH采集模式。，它依赖于在一定质量窗口内所有前体离子的破碎，可以在MS²水平上进行无先验知识的标记定量，在生物标志物研究中具有很高的应用价值。

QTRAP 5500
AB SCIEX QTRAP 5500 LC/MS/MS系统结合了标准的三重四极杆和线性加速器trap，提供了超快的扫描速度和完整的MS³功能。该仪器主要用于多反应监测(MRM)实验，以复杂样品混合物中的蛋白质为目标，对感兴趣的特定蛋白质进行高灵敏度和宽动态范围的定量。该工作流程适用于只监测少量蛋白质的样品分析。实验室中的应用通常包括MRM分析的开发，随后用于蛋白质的绝对定量和翻译后修饰状态的确定(FLEXIQuant工作流)。