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LaMPP团队

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LaMPP和分子研究

波士顿儿欧宝彩票平台童医院分子儿科病理实验室(BCH LaMPP)提供高度创新的基于组织的诊断检测，专门为儿童患者服务，特别是那些与肿瘤样组织过度生长相关的癌症和发育异常。测试包括基因融合和内部串联重复的靶向RNA测序，以及液滴数字PCR分析。

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核酸提取

DNA

概述
- 使用Promega Maxwell自动纯化平台从不同来源提取DNA，然后使用Promega Quantus进行基于荧光的定量
标本
- 可接受的样本来源:
  - - FFPE组织切片或卷轴
    - 新鲜/冷冻组织
    - 全血
    - 骨髓
    - 骨髓穿刺涂片

核糖核酸

概述
- 使用Promega Maxwell自动纯化平台从不同来源提取RNA，然后使用Promega Quantus进行基于荧光的定量
标本
- 可接受的样本来源:
  - - FFPE组织切片或卷轴
    - 新鲜/冷冻组织
    - 全血
    - 骨髓
    - 骨髓穿刺涂片

TNA (DNA和RNA)

概述
- 使用Promega Maxwell自动纯化平台从不同来源提取TNA (DNA和RNA)，然后使用Promega Quantus进行基于荧光的定量
标本
- 可接受的样本来源:
  - - FFPE组织切片或卷轴
    - 新鲜/冷冻组织
    - 全血
    - 骨髓
    - 骨髓穿刺涂片

数字PCR滴

MYOD1 L122R ddPCR

概述
- MYOD1是与横纹肌肉瘤相关的肌源性因子家族中转录因子的蛋白编码基因。横纹肌肉瘤(RMS)是一组骨骼肌肿瘤，包括胚胎型、肺泡型、多形性和梭形细胞/硬化亚型(SC/SRMS)。在SC/SRMS中描述了MYOD1的一个复发热点变异体p.L122R (NM_002478.4 c.365G>T)。采用荧光标记的等位基因特异性引物探针对(Bio-Rad)对MYOD1 p.L122R和野生型密码子122 (NM_002478.4 c.365G>T)对DNA进行液滴数字聚合酶链反应(ddPCR)。将反应混合物通过油乳液稀释成液滴(Bio-Rad QX200液滴发生器)。进行终点PCR，使用光学检测系统(Bio-Rad QX200液滴阅读器)计数变异和野生型等位基因阳性的液滴数量。根据内部验证实验，如果变异等位基因显示变异分数丰度≥1%，则认为“检测到”，如果<1%但≥0.5%，则认为“不确定”，如果<0.5%，则认为“未检测到”。因此，该试验可能无法检测到具有非常低的等位基因比例或具有非常低的肿瘤百分比的样本中的变异。如需详细的方法，请联系儿科分子病理学实验室。
标本
- 可接受的样本来源:
  - - FFPE组织切片或卷轴
    - 新鲜/冷冻组织
    - 全血
    - 骨髓
    - 骨髓穿刺涂片

BRAF V600E ddPCR

概述
- BRAF是一种参与细胞增殖分化的原癌基因。体细胞激活变异存在于许多恶性肿瘤中，可能有助于肿瘤的发生。超过90%的BRAF变异发生在单个位点，导致缬氨酸-谷氨酸在600氨基酸(V600E)上的取代。使用荧光标记的等位基因特异性引物-探针对(Bio-Rad)对BRAF p.V600E和野生型密码子600 (c.1799T>A，转录本NM_001354609.1)对DNA进行液滴数字聚合酶链反应(ddPCR)。将反应混合物通过油乳液稀释成液滴(Bio-Rad QX200液滴发生器)。进行终点PCR，使用光学检测系统(Bio-Rad QX200液滴阅读器)计数变异和野生型等位基因阳性的液滴数量。根据内部验证实验，如果变异等位基因显示变异分数丰度≥1%，则认为“检测到”，如果<1%但≥0.5%，则认为“不确定”，如果<0.5%，则认为“未检测到”。因此，该试验可能无法检测到具有非常低的等位基因比例或具有非常低的肿瘤百分比的样本中的变异。如需详细的方法，请联系儿科分子病理学实验室。
标本
- 可接受的样本来源:
  - - FFPE组织切片或卷轴
    - 新鲜/冷冻组织
    - 全血
    - 骨髓
    - 骨髓穿刺涂片

PIK3CA ddPCR(1 ~ 5个靶标)

概述
- 磷脂酰肌醇-3激酶(PIK3CA)的体细胞激活变异导致了广泛的部分重叠、临床不同的节段性过度生长障碍，包括CLOVES(先天性脂肪瘤性过度生长、表皮痣、脊柱/骨骼异常和/或脊柱侧弯)综合征、Klippel Trenaunay综合征、FAVAs(纤维脂肪血管异常)、大手指和肌肉偏瘫综合征、大脑瘤综合征，如MCAP(大脑瘤-毛细血管畸形)、DMEG(发育不良的巨脑畸形)综合征和孤立的血管畸形，统称为PIK3CA过度生长谱(PROS)。PIK3CA变异的激活也被报道为多种肿瘤类型的体细胞改变。使用荧光标记探针(Bio-Rad)对提取的DNA进行检测，检测五种常见的PIK3CA变体:C . 1258t >C (C420R)、C . 1624g >A (E542K)、C . 1633g >A (E545K)、C . 3140a >T (H1047L)和C . 3140a >g (H1047R)。一个探针检测野生型(WT)等位基因(hex标记)，另一个探针检测变异等位基因(fam标记)。将反应混合物通过油乳液稀释成液滴(Bio-Rad QX200液滴发生器)。进行终点PCR，使用光学检测系统(Bio-Rad QX200液滴阅读器)计数变异和野生型等位基因阳性的液滴数量。根据内部验证实验，如果变异等位基因显示变异分数丰度≥1%，则认为“检测到”，如果<1%但≥0.5%，则认为“不确定”，如果<0.5%，则认为“未检测到”。因此，该试验可能无法检测到具有非常低的等位基因比例或具有非常低的肿瘤百分比的样本中的变异。如需详细的方法，请联系儿科分子病理学实验室。 Multiple additional variants in PIK3CA have also been reported and are not evaluated by this assay.
标本
- 可接受的样本来源:
  - - FFPE组织切片或卷轴
    - 新鲜/冷冻组织
    - 全血
    - 骨髓
    - 骨髓穿刺涂片

基因融合测序:实体瘤和脑瘤

概述
- 实体肿瘤和脑肿瘤融合面板旨在包含已知在儿童肿瘤中发生躯体改变的基因，可用于支持患者的诊断、预后或治疗。这种检测方法使用总核酸(TNA)，它是DNA和RNA的组合，或只使用RNA，来询问64个基因。TNA从含有至少20%肿瘤细胞核的组织中分离，使用Archer FusionPlexTM库试剂盒进行大规模并行测序分析，该试剂盒使用Archer dx公司(Boulder, CO)的BCH定制基因特异性引物用于文库制备，文库使用Illumina MiSeq测序仪进行测序。序列分析使用ArcherAnalysis生物信息学软件系统(ArcherDX, Boulder, CO)。
- 经过选择性重排测试的基因:
  - ALK、BCOR、BRAF、BRD3、BRD4、C11orf95、CAMTA1、CCNB3、CIC、CDH11、DNAJB1、EGFR、EPC1、ERG、ETV1、ETV4、ETV5、ETV6、EWSR1、FGFR1、FGFR3、FOSB、FOXO1、FOXO4、FUS、GLI1、HMGA2、MAML2、MEAF6、MET、MKL2、MYB、MYBL1、NCOA1、NCOA2、NTRK1、NTRK2、NTRK3、NUTM1、PDGFB、PHF1、PLAG1、PPARG、PRKACA、PRKCA、PRKCB、PRKCD、QKI、RAF1、RELA、RET、ROS1、SMARCB1、SS18、SS18L1、STAT6、TAF15、TCF12、TFE3、TFEB、TFG、USP6、VGLL2、YAP1、YWHAE
- 该方法也被验证可以检测bor第15外显子的内部串联重复。所有的基因组改变都在hg19/GRCh37坐标中报道。
- 根据分子病理学协会(Association for Molecular Pathology)、美国临床肿瘤学会(American Society of clinical Oncology)和美国病理学家学院(College of American Pathology)推荐的标准和指南，根据基因改变在癌症诊断、预后和/或治疗方面的临床意义水平，将其分为四个层次
- 如需详细的方法，请联系儿科分子病理学实验室
- 引用:
  1. 杜培安C, Harttrampf AC, Urbinati G, geerger B, Massaad-Massade L.融合基因在儿童癌症中的相关性:走向精准医疗。Mol Ther核酸。2017年3月17日;6:315-26。
  2. 王兆明，吴振耀，蔡桂克，吴士杰，Rajasegaran V, Lim JQ，等。肾透明细胞肉瘤的特征是BCOR基因异常，包括外显子15内部串联复制和BCOR- ccnb3基因融合。组织病理学。2018年1月,72(2):320 - 9。
  3. 郑政，李利伯斯，张志强，张志勇，等。锚定多重PCR用于下一代靶向测序。医学杂志2014年12月;20(12):1479-84。
  4. Archer®Analysis 5用户手册。
  5. 技术说明:Archer™分析软件中的融合检测。
  6. Li MM, Datto, M, Duncavage EJ, Kulkarni S, Lindeman NI, Roy S, Tsimneridou AM, Vnencak-Jones CL, Wolff DJ, Younes A, Nikiforova MN。癌症序列变异的解释和报告的标准和指南:分子病理学协会、美国临床肿瘤学会和美国病理学家学院的联合共识建议。中国生物医学工程学报，2017,1(1):4-23。
标本
- 可接受的样本来源:
  - - FFPE组织切片或卷轴
    - 新鲜/冷冻组织
    - 全血
    - 骨髓
    - 骨髓穿刺涂片

基因融合测序:血液恶性肿瘤

概述
- 波士顿儿欧宝彩票平台童医院血红素恶性融合检测是基于ArcherDX FusionPlex®血红素v2检测面板。该检测以血液系统恶性肿瘤中具有已知诊断、预后和/或治疗意义的基因为靶标，并被验证可检测72个靶基因的融合，既可检测靶基因之间的融合，也可检测靶基因与非靶基因之间的融合。[注意，本实验是基于融合转录本的检测。涉及b细胞受体或t细胞受体位点的重排(包括IGH、IGL、IGK、TRA、TRB、TRD和TRG)可能不会被检测到，因为这些通常不会导致嵌合转录本。这类重排的例子包括Burkitt淋巴瘤中的high - myc重排或T-ALL中的tr - tlx1重排。]
- 经过选择性重排测试的基因:
  - ABL1 (NM_005157，外显子1-5)，ABL2 (NM_005158，外显子2-8)，ALK (NM_004304，外显子2,4,6,10,16 - 23)，BCL11B (NM_138576，外显子2-4)，BCL2 (NM_000633，外显子2-3)，BCR (NM_004327，外显子1- 3,8,12 -16)，BIRC3 (NM_001165，外显子4-7)，CBFB (NM_022845，外显子4-5)，CCND1 (NM_053056，外显子5)，CCND3 (NM_001760，外显子2)，CDK6 (NM_001259，外显子1-4)，CHD1 (NM_001270，外显子1-2)，CHIC2 (NM_000246，外显子1-2)，CREBBP (NM_004380，外显子2-6)，CIITA (NM_000246，外显子1-2)，CREBBP (NM_004380，外显子2-6)，CRLF2 (NM_022148，外显子1-3)，CSF1R (NM_005211，外显子2-3)，DEK (NM_003472，外显子2-3)，DUSP22 (NM_020185，外显子2-3)，EBF1 (NM_024007，外显子10-14)，EIF4A1 (NM_001416，外显子2-3)，EPOR (NM_000121，外显子7-8)，ERG (NM_000121，外显子7-8)，ETV6 (NM_001987，外显子1-6)，FGFR1 (NM_023110，外显子2-12、17)，GLIS2 (NM_032575，外显子2-3)，IKZF2 (nm_06060，外显子1-3、7-8)，IKZF2 (NM_012481，外显子3- 7)，JAK2 (NM_004972，外显子6-13、15-20)，KAT6A (NM_006766，外显子13-16)，KLF2 (NM_016270，外显子2-3)，KMT2A(MLL) (NM_005933，外显子4-35)，MALT1 (NM_006785，外显子9)，MECOM (NM_004991，外显子1-4)，MRTFA(MKL1) (NM_020831，外显子4- 4)，MLF1 (NM_022443，外显子2-4)，MLLT10 (NM_004641，外显子2-18)，MLLT4 (NM_001040000，外显子2)，MYC (NM_002467，外显子1-2)，MYH11 (NM_002474，外显子7- 11,14 -16)，NFKB2 (NM_002502，外显子14-21)，nfch1 (NM_017617，外显子24- 29,34)，NTRK3 (NM_002530，外显子13-15)，NUP214 (NM_005085，外显子17-19)，NUP98 (NM_016320外显子8),P2RY8 (NM_178129,外显子1),PAG1 (NM_018440,外显子2)PAX5 (NM_016734,外显子1,4 - 8),PDCD1LG2 (NM_025239、外显子1 - 3、5 - 6),PDGFRA (NM_006206,外显子9-14),PDGFRB (NM_002609,外显子8 - 14),PICALM (NM_007166,外显子16 - 19),PML (NM_002675,外显子2 - 7日),PRDM16 (NM_022114,外显子1 - 4),PTK2B (NM_173176,外显子2 - 8),RARA (NM_000964,外显子2 - 5),RBM15 (NM_022768,外显子1),ROS1 (NM_002944,外显子31-36),RUNX1 (NM_001754,外显子2 - 9),RUNX1T1 (NM_001198679,外显子2 - 3),SEMA6A (NM_020796，外显子1-2)，SETD2 (NM_014159，外显子1-12)，STIL (NM_003035，外显子1-2)，TAL1 (NM_003189，外显子2-4)，TCF3 (NM_003200, 11-18)， TFG (NM_006070，外显子2-4)，TP63 (NM_003722，外显子3-5)，TYK2 (NM_003331，外显子16和18)，ZCCHC7 (NM_032226，外显子1-4)。
- 根据分子病理学协会(Association for Molecular Pathology)、美国临床肿瘤学会(American Society of clinical Oncology)和美国病理学家学院(College of American Pathology)推荐的标准和指南，根据基因改变在癌症诊断、预后和/或治疗方面的临床意义水平，将其分为四个层次
- 如需详细的方法，请联系儿科分子病理学实验室
- 可接受的样品类型包括:
  - - 风干骨髓抽吸涂片
    - 新鲜血液或骨髓(EDTA管)
    - 新鲜/冷冻组织
    - FFPE组织切片或卷轴(未脱钙)

装船指示

这些测试是由波士顿儿童医院病理学系的儿童分子病理学实验室(LaMPP)在LaMPP主任Marian H. Harris医学博士的监督下开发的，并确定其性能特征。欧宝彩票平台该实验室根据1988年《临床实验室改进修正案》的规定，有资格进行高度复杂的临床试验。这项测试还没有得到美国食品和药物管理局(FDA)的批准。FDA已经确定这种许可或批准是没有必要的。